Nachträglich ist nicht gleich nachnutzbar: Ansätze für integrierte Prozessdokumentation im Forschungsalltag

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Sibylle Hermann
Markus Gärtner
Florian Fritze

Abstract

Um Forschungsdaten auffindbar zu machen, müssen diese mit ausreichend Metadaten beschrieben werden. Damit die durch die Metadaten beschriebenen Forschungsdaten für andere Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler reproduzierbar sind, ist es notwendig, den Kontext ihrer Entstehung mit abzubilden. Gerade die Dokumentation dieses Entstehungsprozesses wird aber oft durch mangelnde Zeit im Forschungsalltag vernachlässigt. Auch fehlt es hier noch an niederschwelliger Unterstützung im Arbeitsprozess. Einige Methoden sind gerade dabei sich zu etablieren oder befinden sich in der Entwicklung. Im Folgenden werden Softwareanwendungen, die die Dokumentation erleichtern sollen, vorgestellt und mit der aktuell im Projekt RePlay-DH entwickelten Lösung verglichen. Der Ansatz der Virtuellen Forschungsumgebung setzt auf die Zusammenarbeit über eine gemeinsame Plattform. Das Elektronische Laborbuch unterstützt die Dokumentation im Labor. Das Workflow-Management definiert, im Gegensatz zum Workflow-Tracking, einen Workflow vor der Ausführung der einzelnen Arbeitsschritte. Dabei steht die prozessbegleitende Dokumentation im Mittelpunkt. Der Lösungsansatz, der im Projekt RePlay-DH verfolgt wird, besteht in der unterstützenden Dokumentation des Forschungsprozesses mit Metadaten durch ein vereinfachtes Workflow-Tracking. Die Integration in bestehende Arbeitsabläufe von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern und die einfache Bedienbarkeit stehen dabei im Vordergrund.

Artikel-Details

Zitationsvorschlag
Hermann, S., Hahn, U., Gärtner, M., & Fritze, F. (2018). Nachträglich ist nicht gleich nachnutzbar: Ansätze für integrierte Prozessdokumentation im Forschungsalltag. O-Bib. Das Offene Bibliotheksjournal / Herausgeber VDB, 5(3), 32-45. https://doi.org/10.5282/o-bib/2018H3S32-45
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Literaturhinweise

- Afgan, Enis; Baker, Dannon; van den Beek, Marius u.a.: The Galaxy platform for accessible, reproducible and collaborative biomedical analyses: 2016 update, in: Nucleic Acids Research 44 (W1), 2016, W3-W10. Online: https://dx.doi.org/10.1093%2Fnar%2Fgkw343, Stand: 27.07.2018.
- Arbeitsgruppe Virtuelle Forschungsumgebungen in der Allianz der deutschen Wissenschaftsorganisationen: Definition Virtuelle Forschungsumgebung, 2011. Online: http://doi.org/10.2312/ALLIANZOA.028, Stand: 01.08.2018.
- Bender, Michael: Forschungsumgebungen in den Digital Humanities. Nutzerbedarf, Wissenstransfer, Textualität, Berlin; Boston 2016.
- Candela, Leonardo; Castelli, Donatella; Pagano, Pasquale: Virtual Research Environments: An Overview and a Research Agenda, in: Data Science Journal 12, 2013, GRDI75-GRDI81. Online: https://doi.org/10.2481/dsj.GRDI-013, Stand: 27.07.2018.
- Deelman, Ewa; Gannon, Dennis; Shields, Matthew u.a.: Workflows and e-Science: An overview of workflow system features and capabilities, in: Future Generation Computer Systems 25 (5), 2009, S. 528–540. Online: https://doi.org/10.1016/j.future.2008.06.012, Stand: 01.08.2018.
- Deutsche Forschungsgemeinschaft: Leitlinien zum Umgang mit Forschungsdaten, 30.09.2015. Online: http://www.dfg.de/download/pdf/foerderung/antragstellung/forschungsdaten/richtlinien_forschungsdaten.pdf, Stand: 01.08.2018.
- Fehr, Jörg; Heiland, Jan; Himpe, Christian u.a.: Best practices for replicability, reproducibility and reusability of computer-based experiments exemplified by model reduction software, in: AIMS Mathematics 1 (3), 2016, S. 261–281. Online: https://doi.org/10.3934/Math.2016.3.261, Stand: 01.08.2018.
- Gärtner, Markus; Hahn Uli; Hermann, Sibylle: Supporting Sustainable Process Documentation, in: Rehm, Georg; Declerck, Thierry (Hg.): Language Technologies for the Challenges of the Digital Age, Cham, 2018 (Lecture Notes in Computer Science 10713), S. 284–291. Online: https://doi.org/10.1007/978-3-319-73706-5_24, Stand: 01.08.2018.
- Harvard Biomedical Data Management, Harvard University, https://datamanagement.hms.harvard.edu/electronic-lab-notebooks, Stand: 01.08.2018.
- Kaden, Ben; Rieger, Simone: Usability in Forschungsinfrastrukturen für die Geisteswissenschaften, in: Neuroth, Heike; Rapp, Andrea; Söring, Sibylle (Hg.): TextGrid: Von der Community – für die Community, Glückstadt 2015, S. 63-75. Online: http://doi.org/10.3249/webdoc-3947, Stand: 01.08.2018.
- Krause, Evamaria: Elektronische Laborbücher im Forschungsdatenmanagement – Eine neue Aufgabe für Bibliotheken?, in: ABI Technik 36 (2), 2016, S. 78-87. Online: https://doi.org/10.1515/abitech-2016-0013, Stand: 01.08.2018.
- Lossau, Norbert: Virtuelle Forschungsumgebungen und die Rolle von Bibliotheken, in: ZfBB 58, (3-4), 2011, S. 154–163. Online: http://resolver.sub.uni-goettingen.de/purl?gs-1/7057, Stand: 01.08.2018.
- Macdonald, Stuart; Macneil; Rory: Service Integration to Enhance Research Data Management: RSpace Electronic Laboratory Notebook Case Study, in: International Journal of Digital Curation 10 (1), 2015, S. 163–172. Online: https://doi.org/10.2218/ijdc.v10i1.354, Stand: 01.08.2018.
- McEwen, Leah R.: IUPAC Facilitating Chemistry Data Exchange in the Digital Era, in: Chemistry International 39 (2), 2017. Online: https://doi.org/10.1515/ci-2017-0205, Stand: 01.08.2018.
- McPhillips, Timothy M.; Song, Tianhong; Kolisnik, Tyler u.a.: YesWorkflow: A User-Oriented, Language-Independent Tool for Recovering Workflow Information from Scripts, in: International Journal of Digital Curation 10 (1), 2015, S. 298-313. Online: https://doi.org/10.2218/ijdc.v10i1.370, Stand: 01.08.2018.
- Menzel, Julia; Weil, Philipp; Nussbeck, Sara Y.: Minimierung des Dokumentationsaufwandes für die medizinische Grundlagenforschung mithilfe eines elektronischen Laborbuches: Aufgezeigt am Beispiel eines Western Blot Metadatenschemata, 59. Jahrestagung der Deutschen Gesellschaft für Medizinische Informatik, Biometrie und Epidemologie, Göttingen 2014. Online: https://dx.doi.org/10.3205/14gmds120, Stand: 01.08.2018.
- Müller, Joachim: Workflow-based Integration. Grundlagen, Technologien, Management, Berlin 2005.
- Neuroth, Heike, Jannidis, Fotis; Rapp, Andrea u.a.: Virtuelle Forschungsumgebungen für e-Humanities. Maßnahmen zur optimalen Unterstützung von Forschungsprozessen in den Geisteswissenschaften, in: BIBLIOTHEK Forschung und Praxis 33 (2), 2009, S. 161-169. Online: https://doi.org/10.1515/bfup.2009.017, Stand: 01.08.2018.
- Nussbeck, Sara Y., Weil, Philipp; Menzel, Julia u.a.: The laboratory notebook in the 21st century: The electronic laboratory notebook would enhance good scientific practice and increase research productivity, in: EMBO reports 15 (6), 2014, S. 631-634. Online: http://doi.org/10.15252/embr.201338358, Stand: 01.08.2018.
- Potter, Megan; Smith, Tim: Making Code citeable with Zenondo and GitHub, Software Sustainability Institute Blog, 28.07.2015, https://www.software.ac.uk/blog/2016-09-26-making-code-citable-zenodo-and-github, Stand: 01.08.2018.
- Reich, Michael; Liefeld, Ted; Gould, Joshua u.a.: GenePattern 2.0, in: Nature Genetics 38 (5), 2006, S. 500–501. Online: https://doi.org/10.1038/ng0506-500, Stand: 01.08.2018.
- Stodden, Victoria, McNutt, Marcia; Bailey, David H. u.a.: Enhancing reproducibility for computational methods, in: Science 354 (6317), 2016, S. 1240–1241. Online: https://doi.org/10.1126/science.aah6168, Stand: 01.08.2018.
- Tristram, Frank: Öffentlicher Abschlussbericht von bwFDM‐Communities. Wissenschaftliches Datenmanagement an den Universitäten Baden-Württembergs. Online: http://bwfdm.scc.kit.edu/downloads/Abschlussbericht.pdf, Stand: 01.08.2018.
- Wilkinson, Mark D.; Dumontier, Michel; Aalbersberg, IJsbrand Jan u.a.: The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship, in: Scientific data 3 (160018), 2016. Online: https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18, Stand: 01.08.2018.